La chondroïtine est une substance naturellement présente dans l'organisme. On la trouve principalement dans le cartilage, le tissu qui permet aux os de se déplacer harmonieusement. On la trouve également dans d'autres tissus conjonctifs.
Il appartient à un groupe de longues chaînes de sucres appelées glycosaminoglycanes. Dans la recherche et les compléments alimentaires, il est généralement question desulfate de chondroïtine, mais souvent le nom plus court chondroïtine est simplement utilisé.